В описі прикордонних сторожових постів 1571 тут згадується Дяків Острог.
Датою виникнення міста вважають 1662, коли сюди на постійне поселення прибули з-за Дніпра 1 204 українця на чолі з отаманом Тимофієм Крисою. У районі є село, назване його ім’ям. Серед новоприбулих було 33 чоловіки міщан, решту переселенців становили селяни. Одержавши допомогу від російського уряду, вони побудували житла, а також досить міцне на той час укріплення — дубовий острог і земляний вал, обведений глибоким ровом. Вже у 1668 р. козаки дали рішучу відсіч великому загонові кримських татар. У 1680 році Богодухів зазнав нового нападу татар. У боротьбі з ворогом тоді загинуло 49 осіб., 184 особи татари захопили в полон. Вони знищили і забрали також чимало хліба, худоби, вуликів та іншого майна, спалили 312 дворів.
Великого бідування зазнали мешканці міста в 1708–1709, під час Північної війни. Шведські вояки пограбували багато навколишніх сіл. Виступаючи проти ворога, місцеве населення організовувало партизанські загони. Економічному розвиткові Богодухова сприяло його вигідне географічне положення — тут пролягав великий шлях, що з’єднував полкові міста Харків та Охтирку. З 1681 по 1765 рік Богодухів був сотенним центром Охтирського козацького полку.
У 1781 Богодухівська слобода отримує статус міста. У цьому ж році затверджується герб Богодухова.
Основним господарським заняттям населення міста було землеробство. Розвивалися також різні промисли. Богодухівські чинбарі добре вичинювали шкіри, а чоботарі шили взуття. Уже на початку XVIII століття Богодухів був своєрідним центром ремісничого виробництва. В документах цього часу зазначається, що головне заняття жителів є шкіряне діло. У 1780-х в місті працювало 10 винокурень на 25 казанів, содовий завод, водяний та паровий млини. Зі зростанням населення млинарство набирало дедалі більшого розвитку.
Значні соціально-економічні зрушення відбулися в житті Богодухова наприкінці XVIII та на початку XIX століть. Досить швидко зростало населення. У 1787 в Богодухові — тоді вже значному місті Харківського намісництва — проживало 6 154 мешканці. На початок XIX століття тут налічувалося 3 959 мешканців тільки чоловічої статі, з них 382 купці, ремісники та інші міщани. Розвивалися ремесла, всіляко підтримувалась і заохочувалась торгівля. Чимало мешканців міста займалося чумацьким промислом. Серед них були досить заможні підприємці.
У 1831 в Богодухові була епідемія холери.
У 1860 в місті проживало 10 552 особи, із них 111 купців, 1 717 міщан і цехових, інші були зайняті у сільському господарстві.
За даними на 1864 у повітовому місті Богодухівського повіту мешкало 10069 осіб (5189 чоловіків та 4880 жінок), налічувалось 1363 дворових господарств, існували 5 православних церков, повітове та приходське училища, лікарня, поштова станція, 5 цегельних заводів, паровий млин, відбувалось 6 ярмарків на рік та 2 базари на тиждень.
За даними перепису 1897 кількість мешканців зросла до 11 752 (5 570 чоловіків та 5 992 жінки).
Під час організованого радянською владою Голодомору 1932—1933 років померло щонайменше 1225 жителів міста.
